Съгласно чл. 126 от Общия регламент и Решение на Министерски съвет №792/17.12.2013 г., функциите на Сертифициращ орган (един за всички оперативни програми в България) се изпълняват от Дирекция “Национален фонд” към Министерство на финансите. Сертифициращият орган отговаря за изготвянето и представянето на Комисията на заверени отчети за разходите и на заявленията за плащане, и по-специално за удостоверяване на това, че:
• Отчетът за разходите е правилен, получен в резултат на надеждни счетоводни системи и се основава на проверими оправдателни документи;
• Декларираните разходи съответстват на действащите правила на Общността и на страната и са направени във връзка с операции, избрани за финансиране съгласно критериите, приложими по отношение на програмата и в съответствие с правилата на Общността и на страната.
Сертифициращият орган поддържа счетоводни данни в електронен вид за разходите, обявени пред Европейската комисия, и води отчет за сумите, подлежащи на събиране, и на сумите, оттеглени в резултат на отмяната на целия или на част от приноса за дадена операция. Той гарантира, че бенефициентите/изпълнителите ще получават редовно плащанията на базата на заявки за средства, представени от Управляващия орган, и докладва на Европейската комисия за всички нередности, включително за процедурите и промените в резултат от тях.