Съгласно чл. 126 от Общия регламент и Решение на Министерски съвет №792/17.12.2013 г., функциите на Сертифициращ орган (един за всички оперативни програми в България) се изпълняват от Дирекция “Национален фонд” към Министерство на финансите.