Съгласно Решение на Министерски съвет №792/17.12.2013 г. Изпълнителна агенция „Одит на средствата от Европейския съюз” (ИА ОСЕС) изпълнява функциите на Одитен орган на оперативните програми за периода 2014-2020 г.
В съответствие с чл. 127 от Регламент на ЕС 1303/2013, в частност Одитният орган:
- Гарантира, че одитите са извършени, за да удостоверят ефективното функциониране на системата за управление и контрол на ОПРР;
- Гарантира, че одитите са извършени по операции въз основа на подходяща извадка, за удостоверяване на декларираните разходи;
- Гарантира, че одитната дейност се извършва съгласно международно приетите стандарти за одит;
- В рамките на осем месеца от приемането на оперативната програма, изготвя стратегия за одит и при поискване я представя на Комисията;
- Ежегодно от 2016 г. до и включително 2024 г. актуализира стратегията за одит;
- Изготвя контролен доклад, съдържащ основни констатации от одитите, включително констатации във връзка с установени недостатъци в системите за управление и контрол, както и предложените и предприетите корективни действия;
- Представя пред ЕК контролен годишен доклад, съдържащ резултатите от проведените одити през предходния 12-месечен период, приключващ на 30 юни всяка година, в съответствие със Стратегията за одит на оперативната програма и докладва всички слабости, открити в системите за управление и контрол на програмата;
- Дава мнение въз основа на проведения контрол и одити, извършени под негова отговорност, дали системата за управление и контрол функционира ефективно, така че да предостави разумна гаранция, че отчетите за разходи, представени на Комисията са коректни и следователно разумна гаранция, че съответните транзакции са законово и правилно извършени;
- Представя на Комисията, най-късно до 31 март 2017 г. Декларация за приключване, определяща валидността на искането за плащане на крайния баланс и законността и правилността на съответните транзакции, покрити от крайния отчет за разходите, която ще бъде подкрепена от крайния контролен доклад.
Според чл. 127 от Регламент на ЕС 1303/2013, Одитният орган е отговорен за извършване на оценка за съответствие на системите, изградени по оперативната програма.